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明星轉錄因子ZBED6的前世今生

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明星轉錄因子ZBED6的前世今生

發布日期:2019-12-06 作者:成版人app网站直播 點擊:

歡迎參觀第二十次全國動物遺傳育種學術討論會

武漢18岁末成禁止观看A13展台

說到當今社會什麽最貴,不是人才,而是豬肉。對於豬的生長發育而言,其肌肉生長、脂肪沉澱是重要的生命過程。那麽在這個過程中,關鍵基因的挖掘就十分的重要。其中一個重要的轉錄因子就是今天的主角ZBED6,其實它不但是這篇文章的主角,也是第二十次全國動物遺傳育種學術討論會的主角。吳江維老師、王丹丹老師、曾武老師都將針對ZBED6轉錄因子分享自己最新研究成果。那麽,ZBED6是如何被發現呢?他的作用到底怎麽實現呢?說到這個問題就必須要提到發表於PLos Biology上的ZEBD6的重要文獻ZBED6, a Novel Transcription Factor Derived from a Domesticated DNA Transposon Regulates IGF2 Expression and Muscle Growth,該文章係統介紹了ZBED6的功能機製。


提到ZBED6之前就必須要提到另一個關鍵基因IGF2(insulin-like growth factor 2),之前的報告顯示,(IGF2)突變,即從G到A的轉變,破壞了與未知阻遏因子的相互作用,導致骨骼肌IGF2表達上調3倍,突變等位基因的父係表達增加了骨骼肌的質量,從而增加了3%-4%的肉產量。那麽這個未知阻遏因子到底是什麽,就引起了大家的興趣。該表報道作者利用EMSA、熒光素酶瞬時報告係統、野生型和突變體的生物素標記親和捕獲、SILAC(stable isotope labeling of amino acids in culture)技術獲得了未知的阻遏因子。對捕獲的未知阻遏因子進行質譜以及生信分析,發現其是Zc3h11a基因的可變剪切造成的,對其結果分析發現其含有BED domain,且因為是鑒定到的第六個哺乳動物中含有BED domain的蛋白,因此將其命名ZBED6。對,那個未知阻遏因子就是成版人app网站下载的主人公ZBED6。隨後通過EMSA實驗,證明其確實結合了IGF2,也確實不能結合IGF2。

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圖1:ZBED6的鑒定


隨後對ZBED6進行表達模式分析,通過Northern Blot 和RT-qPCR發現其廣泛分布於各個組織且與Zc3h11a共表達。

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圖2:Zbed6表達模式


利用小鼠C2C2細胞,通過融合GFP標簽對ZBED6進行細胞定位,發現其定位至細胞核核仁。

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圖3:ZBED6定位至核仁


通過siRNA沉默,作者證明了ZBED6結合了IGF2的重要數量性狀核苷酸位點(QTN),siRNA沉默後,Zbed6基因表達下降,通過雙熒光素酶以及ChIP-qPCR(圖4C)證明其結合了IGF的QTN位點,對IGF2基因的表達以及細胞分化和細胞數進行統計,證明Zbed6的沉默與IGF2的表達增加、細胞增殖增加和傷口愈合加快相關。

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圖4:沉默Zbed6證明其結合Igf2 QTN位點


目的蛋白功能解析怎麽少得了ChIP-seq呢,作者對ZBED6蛋白進行ChIP-seq,旨在尋找Igf2以外的靶基因。作者利用小鼠C2C12細胞,進行ChIP-seq實驗,結果表明在QTN位點,ZBED6有著明顯的結合,該結果與預期一致(圖5A)。對ZBED6motif進行分析,其也與QTN位點一致(圖5 B)。對其TSS分布進行探究,peak主要基因在TSS上下遊5K範圍,暗示了其結合啟動子且沉默的功能(圖5 C、D)。對其peak關聯基因進行分析,與發育、生物過程調控、轉錄調控、細胞分化、形態發生、神經發生、細胞-細胞信號傳導和肌肉發育相關的基因在該列表中都高度富集(圖5 E、G)。並對其下遊靶基因編碼的轉錄因子進行了分析(圖5 F)。

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圖5:ChIP-seq探究ZBED6功能


ZBED6前世的故事到此就告一段落,其實成年短视频破解APP回頭看,這篇文章符合一個經典的蛋白研究案例,從蛋白的捕獲,結構分析、同源性分析、定位分析闡述其基本信息。隨後對其表達模式進行分析,同時利用構建的突變體或者過表達材料從形態學闡述其功能,最後通ChIP-seq探究其靶基因,結合形態學,從而構建目的蛋白調控下遊靶基因從而調控生命過程一整套調控機製,完整闡述其生命功能。


動物遺傳育種大會


第二十次全國動物遺傳育種學術討論會正在廣州如火如荼的開展,武漢成版人app网站下载也應邀參會,A13展台歡迎您的光臨,如果您手裏也有重要的功能蛋白卻無從下手,歡迎蒞臨A13展位,說不定下一次討論會的主角就是您的目的蛋白。



本文網址:http://www.chinayuwo.com/news/495.html

關鍵詞:ChIP-seq,EMSA,轉錄因子

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