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新視角—基因組+轉錄組+ChIP=兩篇文章(3+;6+)

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新視角—基因組+轉錄組+ChIP=兩篇文章(3+;6+)

發布日期:2019-11-21 作者:成年短视频破解APP 點擊:

01

組蛋白修飾酶組學分析

 隨著測序技術的蓬勃發展,越來越多的基因組及轉錄組數據被公布,大家在找到初期轉錄組差異peak後,除了找到其中幾個感興趣的調控因子研究外,剩下的大量有用信息就在“睡大覺”。可是,大家知道麽?這些“睡大覺”的信息,向日葵视频APP下载ioses還可以重新撿起“廢物利用”。並且基因組+轉錄組就能有一篇3分以上文章,再加上ChIP實驗,又是一篇6分以上文章上場了。這麽好的事情,當然不是隨隨便便發的啦,其中需要有個“關鍵人物”存在的。那麽是神秘的“關鍵人物”是誰捏?當當當當,“關鍵人物”上場了。

今天成版人app网站直播神秘的大嘉賓就是—組蛋白修飾酶。

18岁末成禁止观看都知道,染色質是有核小體和DNA組成,而核小體是由8個組蛋白聚合而成。而組蛋白上存在多種修飾類型,如甲基化、乙酰化、泛素化和磷酸化等。這些修飾都能影響下遊基因的表達。核小體修飾是通過影響DNA在組蛋白結構上纏繞的緊密程度,從而導致基因表達發生劇烈變化。這些修飾最常見的位置就是在核小體核心突出的氨基末端。


1.png 

▲核小體結構

那麽組蛋白修飾又是怎麽與常規表觀技術結合來發揮作用呢?讓向日葵视频APP下载ioses借助文章來一一解析。

首先要說的一篇文章是基因組+轉錄組結合後發表的文章。

文章是2018年在BMC Plant biology上發表的名為Identification and characterization of histone modification gene family reveal their critical responses to flower induction in apple,作者首先將蘋果的基因組進行組蛋白修飾酶鑒定,分析了蘋果基因組上存在的不同的修飾酶類型,然後定位到染色質上,看每條染色質上存在的修飾酶。鑒定出修飾酶分析其結構域特征以及基因組成特征,同時做成調控網絡圖,讓向日葵视频APP下载ioses更清楚的了解在基因組調控中哪個組蛋白修飾酶更重要。同時將蘋果的修飾酶與數據庫中其他的物種的修飾酶也進行了比較分析,詳細情況見下圖:

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最後,文章做了幾組轉錄組測序,並將轉錄組數據進行修飾酶差異分析,得到差異修飾酶。

3.png

就這樣,組蛋白修飾酶文章新鮮出爐,3分+到手。

有了差異組蛋白修飾酶,後麵成年短视频破解APP就可以根據得到的組蛋白修飾酶,找到相對應的組蛋白修飾類型,找尋組蛋白修飾調控機製。

這裏,用另外一篇發在The Journal of Neuroscience上名為SIRT1-FOXO3a Regulate Cocaine Actions in the Nucleus Accumbens的文章,來仔細探討組蛋白修飾酶SIRT1是如何通過調控組蛋白H4K16ac來控製伏隔核可卡因活動的。

實驗材料:小鼠(對照組:注射生理鹽水;實驗組:注射可卡因)

主要表觀技術:ChIP-seqRNA-seq

首先,作者將兩組實驗材料做了組蛋白修飾酶SIRT1的ChIP-seq實驗,得到處理組和實驗組中與修飾酶SIRT1相關的上下調基因。

4.png

然後將ChIP-seq的結果與RNA-seq結果對比,進一步分析結合轉錄組後的上下調基因。

5.png

進一步的,作者結合H4K16ac的ChIP-seq結果,分析比對H4K16ac和SIRT1的表觀關聯性,並認為SIRT1修飾酶修飾了組蛋白H4K16ac後通過招募轉錄因子來調控可卡因活動,並且找到關鍵調控轉錄因子FOXO3a。 

6.png

後麵,作者驗證過表達FOXO3a後來驗證其是否真的能影響可卡因行為,做了以下實驗

7.png

最後,作者得出了組蛋白修飾酶SIRT1是通過調控組蛋白H4K16ac來控製伏隔核可卡因活動的機製

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好了,6分+的文章分享到此結束了,大家是不是也心動了呢?那麽,找向日葵视频未成年禁止观看吧,武漢18岁末成禁止观看為您提供組蛋白修飾酶組學一站式服務,不僅從實驗設計提供技術支持,也對相關建庫測序,如組蛋白修飾酶組學分析中的基因組建庫測序、轉錄組建庫測序,再到ChIP建庫測序,向日葵视频APP下载ioses全服務。

武漢成年短视频破解APP翻閱多篇文獻,根據以往實驗數據以及結果,總結了大量植物、動物和人的組蛋白修飾酶對應推薦組蛋白ChIP類型,如果你有感興趣的組蛋白修飾酶,卻不知道選擇何種組蛋白ChIP類型,也可以找向日葵视频APP下载ioses。




本文網址:http://www.chinayuwo.com/news/491.html

關鍵詞:組蛋白修飾,ChIP-seq,組學分析

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