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愛基帶著ChIP-seq迎來了CUT&Tag兄弟

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愛基帶著ChIP-seq迎來了CUT&Tag兄弟

發布日期:2019-08-07 作者:成版人app网站下载 點擊:

說起蛋白和DNA的互作研究利器,首先就會想到ChIP-seq(染色質免疫共沉澱測序),說到ChIP-seq自然會來到成版人app网站直播;在愛基ChIP-seq是最靚的仔,這是毋庸置疑的;愛基攜手ChIP-seq走過五年,這些日子裏一起攻克了各種難題(脂肪樣本、高澱粉、真菌菌絲,原核微生物),植物樣本的ChIP實驗服務一直是國內的翹楚。

ChIP-seq樣本要求量偏高,步驟繁多,每一步都要用心處理,這讓很多人都望而卻步。咳咳~~成年短视频破解APP今天的主角CUT&Tag相比較而言真的是要靈巧省心不少。

2019年4月,弗雷德哈欽森癌症研究中心的Steven Henikoff團隊在 Nature Communication 公開了CUT&Tag 技術的詳細操作及相關穩定性的結果。

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讓向日葵视频未成年禁止观看先來看看CUT&Tag的原理及實驗步驟:

CUT&Tag是蛋白-DNA互作的一大革新技術,它不需要使用甲醛交聯以及免疫共沉澱,而是通過針對靶蛋白(如轉錄因子、染色質重塑蛋白)的抗體和Protein A的介導,使得與Protein A融合的Tn5酶(Tagmentase)在切割DNA片段的同時在序列兩端加上測序接頭,經PCR擴增後形成可以直接用於高通量測序的文庫(如圖1)。

使用CUT&Tag,可以大大降低細胞投入量以及操作時間。(Tn5酶是不是很熟悉,不得不說他這個機靈鬼真的是大作用,ATAC都是靠他才能大顯才能,它來到愛基和成年短视频破解APP在一起攀登向上。)

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圖1 CUT&Tag實驗原理步驟

既然CUT&TagChIP-seq有相同的作用,那肯定要拿來比較一下。

作者將ChIP-seqCUT&Tag等幾種種方法來對組蛋白H3K27me3進行研究比較。通過相同的數據量(8M Reads)進行比較分析發現,由結果可以看出對應的染色體景觀相似,CUT&Tag脫穎而出有最低的背景噪聲和最強的信號。

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圖2 ChIP-seq和CUT&Tag方法比較

CUT&Tag的核心在於Protein A-Tn5切割反應是在細胞內進行的,而切割的核酸也均在細胞內,所以能實現少量細胞的擴增。

CUT&Tag能夠對極少量細胞(60個細胞)甚至單細胞進行操作。單細胞操作需要在常規操作的基礎上將細胞進行分裝,再進行後續操作。在PCR反應之前,通過分配單個細胞到5184納米孔,再加入帶隨機標簽的引物進行擴增,從而實現單細胞測序。

數據結果(H3K27me3、H3K4me2)來看也是非常不錯的表現。

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圖3 單細胞CUT&Tag

目前小可愛CUT&Tag在細胞樣本中發光發熱,對於特殊組織及微生物樣本還有待繼續升級優化,歡迎選擇愛基一起探索發現。


本文網址:http://www.chinayuwo.com/news/470.html

關鍵詞:ChIP-seq,CUT&Tag,ChIP

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